Село Субботино было основано в середине XIX века. Вскоре после основания поселения возникла необходимость в строительстве храма для обеспечивания духовного окормления местных жителей. Первая церковь в честь Казанской иконы Божией Матери была построена из дерева и освящена в 1864 году. Строительство осуществлялось на средства прихожан и при активном участии местного населения.
К началу XX века деревянная церковь обветшала и не могла вместить всех прихожан. В связи с этим было принято решение о возведении нового каменного храма. Строительство началось в 1904 году по проекту енисейского губернского архитектора А.А. Фольбаума и завершилось в 1907 году. В строительстве принимали участие как приглашённые мастера, так и жители села Субботино и близлежащих деревень Средне-Шушенской и Вознесенской, входивших в состав прихода. Кирпич для строительства изготавливали местные жители Фрол и Григорий Мамкины.
Архитектурно храм представляет собой образец русско-византийского стиля с элементами эклектики, характерными для начала XX века. Здание выполнено из красного кирпича, фасады украшены декоративной кладкой и арочными окнами. Храм имеет традиционную крестово-купольную композицию с центральным куполом и четырьмя малыми главами по углам. Внутреннее убранство храма включало богатый иконостас и настенную роспись, выполненную местными и приглашёнными мастерами.
После революции 1917 года храм продолжал функционировать, однако в период антирелигиозной политики советского государства его деятельность была приостановлена. Здание храма использовалось под различные хозяйственные нужды, что привело к утрате части внутреннего убранства и повреждению конструкций.
В конце XX века, с началом процесса возрождения религиозной жизни в России, местные жители инициировали восстановление храма. Здание было возвращено Русской Православной Церкви, после чего начались реставрационные работы. Были восстановлены кровля, купола, проведены работы по укреплению стен и реставрации фасадов. Внутреннее убранство храма также подверглось реставрации: восстановлены иконостас, настенная роспись и другие элементы декора.
В настоящее время храм Казанской иконы Божией Матери в селе Субботино является действующим приходским храмом. В нём регулярно проводятся богослужения, церковные таинства и обряды. При храме организована воскресная школа для детей и взрослых, проводятся занятия по основам православной веры и церковному пению. Храм также является центром культурной и духовной жизни села, объединяя местное сообщество и сохраняя традиции православия.
