Храм Казанской иконы Божией Матери в селе Малое Карачкино был построен в период между 1862 и 1870 годами. Деревянное здание церкви возведено в традициях русского церковного зодчества. Престол храма освящен в честь Казанской иконы Божией Матери.
Село Малое Карачкино образовалось как выделившееся поселение из деревни Большое Карачкино. В дореволюционный период жители села относились к государственным крестьянам и занимались преимущественно земледелием и животноводством. Храм функционировал как духовный центр местной православной общины до 1941 года.
В начале XX века при храме действовала церковно-приходская школа. В 1920-е годы, несмотря на сложные политические условия, церковная жизнь в селе продолжалась. В 1929 году в селе был образован колхоз «Новый путь», что отражало общие тенденции коллективизации сельского хозяйства в СССР.
В 1941 году храм был закрыт. Здание церкви не использовалось по назначению в течение нескольких десятилетий. В 1994 году храм был восстановлен, и в нем возобновились богослужения. В том же году был образован приход Казанской иконы Божией Матери.
В 2002 году местная религиозная организация прихода храма была официально зарегистрирована. Храм является частью Чебоксарско-Чувашской епархии Русской Православной Церкви и входит в состав Ядринского благочиннического округа.