Село Карабаян было основано в период Казанского ханства. В начале XVIII века в селе была построена деревянная церковь, которая в 1899 году сгорела. В том же году на её месте была возведена новая Казанско-Богородицкая церковь, которая впоследствии не сохранилась.
В советский период, когда многие религиозные сооружения подвергались закрытию или разрушению, церковь в селе Карабаян прекратила своё существование. Однако, несмотря на утрату храма, местные жители сохраняли веру и стремились к возрождению духовной жизни в селе.
В 2016 году в селе Карабаян была освящена новая церковь Казанской иконы Божией Матери.
В преддверии праздника Казанской иконы Божией Матери в храм был принесён старинный Казанский образ.