Храм Казанской иконы Божией Матери в селе Байкалово Тобольского района Тюменской области был основан как православный приход в 1998 году. Миссионерские поездки в село начались годом ранее, в 1997 году. Первоначально богослужения проводились в здании местной музыкальной школы, так как собственного храмового здания у общины не было.
В 2003 году силами прихожан и благотворителей было осуществлено переоборудование здания бывшего магазина под церковь. Таким образом, ныне действующий храм был создан путем реконструкции гражданского строения. Архитектурное решение представляет собой деревянную постройку, типичную для сельских храмов современной постройки.
До революции 1917 года в селе существовала деревянная часовня, освященная в честь Казанской иконы Божией Матери, которая впоследствии была утрачена. Нынешний храм, таким образом, является преемником этой часовни в духовном плане, хотя и не представляет собой ее архитектурного продолжения.
При храме действует воскресная школа для взрослых, что свидетельствует о наличии образовательной деятельности в рамках прихода. По данным на 2012 год, численность прихожан составляла около 40 человек. Престольный праздник отмечается дважды в год - 21 июля и 4 ноября по новому стилю, в дни церковного празднования Казанской иконы Божией Матери.
Храм относится к Тобольской епархии Русской Православной Церкви. В 2005 году общине было передано здание администрации села, где была оборудована церковь. Однако основным местом богослужений осталось перестроенное здание магазина на улице Советской.