Храм Казанской иконы Божией Матери в селе Кочковатка Харабалинского района Астраханской области был построен в 1877 году как деревянная пятиглавая церковь. С момента постройки храм стал самостоятельным приходом. По свидетельствам современников, здание было небольшим и неотапливаемым. В 1902 году церковь обнесли каменной оградой, а к 1907 году сооружение требовало капитального ремонта или полной перестройки.
В 1936 году храм был закрыт советскими властями. В последующий период здание использовалось под светские нужды: в нем размещались клуб и магазин. Решение о возобновлении богослужений было принято в 1990 году. Первое богослужение после долгого перерыва состоялось в 1991 году под открытым небом.
Современный храм представляет собой однопрестольное сооружение. В 1999 году с левой стороны к нему была пристроена крестильня. 14 июля 2017 года, в день памяти святых бессребреников Космы и Дамиана, состоялось освящение восстановленного храма иерейским чином в честь Казанского образа Пресвятой Богородицы.
Архитектурно храм выполнен в традициях деревянного зодчества. Первоначальный проект 1877 года предусматривал характерную для сельских храмов того периода пятиглавую композицию. После восстановления в 1990-х годах храм сохранил традиционную ориентацию алтарной части на восток.