История храма восходит к началу XX века, когда в связи со строительством железнодорожной линии Казань–Екатеринбург (1912–1916 годы) между деревнями Иванаево и Янаул была возведена часовня в честь пророка Илии. Строительство часовни завершилось в 1914 году. Её возведение осуществлялось усилиями людей, высланных на поселение и прибывших из различных мест, которые занимались прокладкой железнодорожных путей и строительством инфраструктуры при станции .
Часовня быстро стала важным духовным центром для местных жителей. Согласно воспоминаниям уроженцев Янаульского района, родившихся в начале XX века, посещение часовни перед походом на базар было обычной практикой. Однако в 1947 году часовня была разграблена: колокола и звонницы были вывезены в неизвестном направлении, а пристрой к часовне стал служебным помещением железнодорожной станции. В дальнейшем помещение часовни было преобразовано в клуб железнодорожников .
В 1993 году, в период возрождения религиозной жизни в России, на месте бывшей Ильинской часовни была зарегистрирована и начала действовать православная община. В том же году был основан двухпрестольный храм, посвящённый Иверской иконе Божией Матери и пророку Илии. Храм был построен на пожертвования прихожан и стал первым православным храмом в городе Янаул, возведённым в соответствии с традициями русского православного зодчества .
Архитектурно храм представляет собой здание, выполненное в традиционном русском стиле. Фасады украшены декоративными элементами, отражающими каноны православного храмового строительства. Внутреннее убранство храма соответствует православным традициям, включая иконостас и другие элементы церковного интерьера.
В 2013 году на храме был установлен купол, что стало важным этапом в завершении архитектурного облика здания . В настоящее время храм продолжает свою деятельность, являясь центром духовной жизни православной общины города Янаул и Янаульского района. В нём регулярно проводятся богослужения, таинства и другие церковные мероприятия. Храм также служит местом проведения религиозного образования и воспитания для прихожан различных возрастов.