Идея строительства храма возникла в конце 1990-х годов в рамках реализации проекта создания духовно-патриотического комплекса в честь святого Георгия Победоносца. Инициаторами проекта выступили архиепископ Ростовский и Новочеркасский Пантелеимон и полномочный представитель Президента Российской Федерации в Южном федеральном округе Владимир Казанцев.
Строительство храма святого мученика Иоанна Воина стало первым в современной истории Ростова-на-Дону деревянным храмом. Проект иконописи, включая создание иконостаса, был разработан ростовским художником Владимиром Макаровым. Несмотря на компактные размеры, храм включает в себя не только основное помещение для богослужений, но и колокольню, трапезную и лекционную залу.
Активное участие в строительстве и поддержке храма принимал Иван Игнатьевич Саввиди, чье содействие способствовало успешной реализации проекта.
Архитектурно, храм сочетает традиционные элементы русской деревянной архитектуры. Он представляет собой однонефную церковь с полукруглой апсидой и просторным притвором. Колокольня, расположенная над входом, увенчана главкой с крестом. Интерьер украшен иконостасом, выполненным в традиционном стиле, и росписями, отражающими каноны православного искусства. При нем функционирует воскресная школа, где проводятся занятия для детей и взрослых, направленные на изучение основ православной веры и культуры. Также действует патриотический центр, организующий мероприятия, посвященные истории России и донского казачества. Сестричество храма занимается милосердной деятельностью, оказывая помощь нуждающимся и больным. Молодежный клуб и различные кружки, такие как иконописная мастерская и школа звонарей, способствуют духовному и творческому развитию прихожан.
