В 1996 году жители посёлка Мухен обратились к епископу Хабаровскому с просьбой о назначении священника для совершения богослужений в посёлке. С 1997 года началось регулярное духовное окормление местных жителей.
В 2000 году община приобрела жилой дом с земельным участком по адресу улица Матросова, 2, который был переоборудован под молитвенный дом. Впоследствии было принято решение о строительстве полноценного храма.
7 июля 2002 года, в день празднования Рождества Иоанна Предтечи, был заложен первый камень в основание будущего храма. Строительство велось на средства жертвователей и при активном участии прихожан. 16 января 2005 года храм был освящён архиепископом Хабаровским.
Храм представляет собой деревянное здание, построенное в традициях русского деревянного зодчества. Он имеет один престол, освящённый в честь Рождества Иоанна Предтечи.
В 2009 году был заложен фундамент здания воскресной школы, строительство которой завершилось в 2011 году. В настоящее время при храме действует воскресная школа для детей.