Первое упоминание о храме в селе Четкарино относится к 1761 году, когда крестьянин Артемий Трубин с товарищами получили благословение митрополита Тобольского Павла на строительство деревянной церкви. Однопрестольный храм в честь Рождества Иоанна Предтечи возводился на средства прихожан и пожертвования в течение пяти лет. Освящение состоялось в 1766 году, хотя строительные работы полностью не завершились.
15 февраля 1819 года деревянная церковь полностью сгорела. В 1821 году на её месте заложили каменный двухпрестольный храм. Строительство продолжалось до 1829 года. 26 ноября 1829 года освятили тёплый южный придел во имя святых мучеников Флора и Лавра. Главный холодный престол освятили позднее в честь Рождества Иоанна Предтечи. На звоннице разместили пять колоколов, самый крупный из которых весил 12 пудов 24 фунта.
В 1868 году вокруг храма построили каменную ограду с железными решётками. В течение XIX века церковь неоднократно перестраивалась из-за увеличения числа прихожан. В 1904 году появился северный придел во имя Богоявления Господня, и храм стал трёхпрестольным. Причт состоял из двух священников, диакона, двух дьячков и двух пономарей.
В 1922 году из храма изъяли церковные ценности, включая серебряные богослужебные сосуды. В 1935 году по решению Пышминского райисполкома церковь закрыли, здание передали организации «Заготзерно». Купол и колокольню разобрали, кирпич использовали для хозяйственных нужд. Позднее в здании разместили сельский Дом культуры.
В 2007 году в селе воссоздали православный приход. В 2013 году верующим передали южный придел храма, где после ремонта возобновились богослужения. К 2016 году планировалась полная передача здания церковной общине.