2 июля 1589 года при строительстве Царицынской крепости донскими казаками была возведена деревянная церковь во имя Святого Иоанна Предтечи. Однако спустя около десяти лет храм был уничтожен пожаром. В 1615 году церковь была восстановлена; известны имена шести мастеров, участвовавших в её строительстве: Василий Агафонов, Дружина Иванов, Фома Степанов, Богдан Кузьмин, Обросим Клементьев и Иван Сеченов.
В 1664 году деревянная церковь была перестроена в каменную, став первым каменным сооружением Царицына. В 1704 году храм был реконструирован в стиле "восьмерик на четверике", характерном для того времени.
В ноябре 1722 года Пётр I, возвращаясь из персидского похода, посетил Царицын и молился в Иоанно-Предтеченской церкви. В период правления Екатерины II, в 1755 году, Иоанно-Предтеченский женский монастырь был упразднён, и храм стал приходской церковью.
В советский период храм был закрыт, его имущество конфисковано, а здание разрушено в 1932 году. На его месте был построен ресторан. В 1995 году началось строительство нового храма на прежнем месте, и в 1997 году он был освящён.
