В 1784 году на месте сгоревшей деревянной церкви началось строительство каменного храма. Строительство продолжалось более двадцати лет и завершилось освящением центрального престола в 1808 году во имя святого Иоанна Предтечи. Время не сохранило имён архитекторов и строителей храма, однако известно, что возведение осуществлялось на средства жителей правобережной части Твери.
Архитектурно храм представляет собой композицию типа «восьмерик на четверике» с полукруглой апсидой, что является уникальным для Твери. К храму примыкает трёхъярусная колокольня, возведённая по проекту губернского архитектора И.Ф. Львова.
В трапезной части храма устроены два придела: правый (южный) во имя святого архистратига Михаила и прочих Бесплотных Сил, левый (северный) — в честь святителя Тихона Амафунтского и святой мученицы Софии. В храме находились три иконостаса с частицами мощей святого князя Владимира, преподобного Нила Столобенского, благоверного князя Михаила Тверского и других святых.
При храме существовало кладбище, служившее местом упокоения духовных лиц, дворян и видных общественных деятелей Твери, включая представителей купеческих фамилий Аваевых и Бобровых. В 1931 году кладбище было закрыто, а впоследствии уничтожено.
В 1930-х годах храм был закрыт и использовался для различных хозяйственных нужд: склад, инкубатор, мастерские. В советский период были разобраны завершения храма и колокольни. В 1975–1978 годах проведена реставрация по проекту А.В. Соколова, в ходе которой воссозданы утраченные элементы.
В 1997 году часть храма была передана православной общине, и с 1998 года возобновлены регулярные богослужения. В 2000 году состоялась полная передача храма общине, после чего начались работы по его восстановлению.
