Первые упоминания о храме в селе Ибердус относятся к 1676 году, когда в окладных книгах он значился как церковь Зачатия святого Пророка и Предтечи Крестителя Господня Иоанна. На тот момент при храме состояли два двора дьячков, а священник отсутствовал более двадцати лет. Церковь владела земельными угодьями, включая пахотные земли, сенокосы и лесные участки.
В 1722 году на месте сгоревшей предшественницы была построена новая деревянная Зачатьевская церковь с колокольней. При храме имелась библиотека, насчитывавшая 150 книг церковно-исторического и богословского содержания. Церковь также владела земельными участками, включая кладбище, усадьбы, пахотные земли и лесные угодья.
В 1907 году на средства прихожан был возведен каменный храм с двумя приделами: правым во имя святителя Николая Чудотворца и левым во имя святой мученицы Параскевы. Храм был выполнен в кирпиче с белокаменной отделкой. В советский период храм был закрыт, но в 1990-х годах возвращен верующим и восстановлен.
Село Ибердус, где расположен храм, впервые упоминается в Рязанских платежных книгах 1628-1630 годов как деревня. К 1674 году оно уже значилось селом с церковью. Название Ибердус имеет финно-угорское происхождение и означает "что-то расположенное над рекой". В окрестностях села обнаружены стоянки древнего человека каменного века.