Храм Усекновения Главы Иоанна Предтечи в селе Прасковеевка был построен в 1896 году, о чем свидетельствует дата на замковом камне обрамления западного входа. Здание возведено в традициях однокупольных центрально-крестовых храмов, характерных для конца XIX века. Первоначально храм заменил собой старый молитвенный дом, существовавший в селе.
В 1950-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, здание храма было переоборудовано под клуб. Внутреннее пространство разделили горизонтальными деревянными перекрытиями на два этажа, хотя внешний облик здания остался практически неизменным. В таком виде сооружение использовалось для проведения молодежных мероприятий и кинопоказов.
В конце 1990-х годов здание возвращено Русской Православной Церкви. Восстановительные работы позволили вернуть храму первоначальное внутреннее устройство. 11 сентября 2011 года состоялось празднование 115-летия храма, в котором принял участие благочинный Новороссийского округа.
Архитектурное решение храма характерно для провинциального церковного строительства конца XIX века. Здание выполнено в русско-византийском стиле с сохранением традиционных элементов православного храмостроения. Размеры сооружения сравнительно небольшие, что соответствует масштабам сельского прихода.
Исторические источники указывают на преемственность между современным храмом и более ранними церковными строениями в Прасковеевке. Первые упоминания о православной общине в этом селе относятся к середине XIX века, когда здесь существовал молитвенный дом.