В 1994 году настоятель Невельского прихода Рождества Пресвятой Богородицы приобрёл здание магазина №16, принадлежавшее Сахалинскому коммерческому банку «Аксбанк», с целью организации в нём православного прихода в селе Горнозаводск. Однако сделка не была полностью оформлена надлежащим образом, что впоследствии создало трудности с оформлением документов на здание. Тем не менее, здание было переоборудовано и приспособлено для богослужебной деятельности.
2 января 1997 года в переоборудованном здании был освящён престол в честь праведного Иоанна Кронштадтского, что ознаменовало начало полноценной жизни прихода. С этого времени храм стал центром духовной жизни местного населения.
В 2000 году настоятелем храма был назначен иеромонах Варфоломей (Махин). В этот период проводились работы по строительству купола храма, однако приход столкнулся с экономическими трудностями. Благодаря совместным усилиям настоятеля, прихожан, епархии и Невельского прихода удалось завершить строительство купола и покрыть крышу железом. Постепенно приход рассчитался с долгами и приобрёл стабильное положение.
