Временный храм в честь святого праведного Иоанна Кронштадтского в Зеленодольске был освящен 7 января 1999 года. Решение о его создании принято в связи с планами строительства подворья Раифского Богородицкого монастыря, которое начали обсуждать в 1997 году. Первоначально предполагалось возвести храм апостола Андрея Первозванного, закладка фундамента которого состоялась в июле 1999 года.
Строительство постоянного храмового комплекса столкнулось с финансовыми трудностями, что привело к необходимости организации временного места для богослужений. Часовня, освященная в честь Иоанна Кронштадтского, выполняла эту функцию в течение 11 лет, пока велись работы по возведению основного храма. Архитектурное решение временного храма соответствовало упрощенным формам, характерным для подобных сооружений переходного периода.
Исторически территория, на которой расположен храм, связана с традициями судостроения, что отразилось в морской символике, присутствующей в оформлении церковного комплекса. В непосредственной близости от храма находится флагшток с Андреевским флагом, установленный в память о судостроительных традициях Зеленодольска.
Приход храма поддерживает традицию крестных ходов, восходящую к дореволюционному периоду. В частности, организуются паломничества на остров-град Свияжск, где сохранились памятники православной архитектуры XVI века. Эта традиция была возобновлена в начале 2000-х годов после многолетнего перерыва, вызванного событиями XX века.
Храм относится к Казанской епархии Русской Православной Церкви. Богослужебная жизнь прихода осуществляется в соответствии с уставом и традициями Московского Патриархата. Архитектурный ансамбль включает в себя как временную часовню, так и построенный позднее капитальный храм, образующий единый церковный комплекс.