Село Стебачёво впервые упоминается в «правой грамоте» великого князя Ивана Ивановича от 1476 года, где оно обозначено как вотчина Спасо-Евфимиева монастыря.В 1764 году, в результате секуляризационной реформы, монастырские владения были упразднены, и село перешло в ведение государства.
В 1786 году на средства прихожан была построена каменная церковь с колокольней во имя святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова, заменившая собой прежний деревянный храм. В архитектурном плане храм представляет собой двусветный четверик, завершённый четырёхскатной кровлей с луковичной главкой на барабане. К основному объёму примыкают полукруглая апсида и трапезная, над которой возвышается восьмигранный столп колокольни, завершённый шатром с небольшой луковичной главкой. Фасады украшены лопатками, раскрепованными карнизами и наличниками с килевидными завершениями.
В XIX веке к западной части трапезной была пристроена паперть, охватившая нижний ярус колокольни. В этот же период в храме служил священник Василий Петрович Цветаев, прадед поэтессы Марины Цветаевой. В 1988 году, во время ремонта храма, была обнаружена поминальная доска с именами представителей рода Цветаевых.
