Первое упоминание о церкви в селе Петино, ранее известном как Верхнее Малышево, датируется 1715 годом, когда была построена деревянная церковь во имя Иоанна Богослова. К 1746 году при храме числилось 10 дворов прихожан-однодворцев.
В 1869 году на месте деревянной церкви была возведена каменная, освященная 10 ноября того же года. Строительство осуществлялось на средства прихожан и местного помещика Ивана Ивановича Раевского. Новый храм имел три престола: главный — в честь Иоанна Богослова, правый придел — во имя святителя Митрофана Воронежского, левый придел — во имя святой мученицы Параскевы Пятницы. В трапезной части находились еще два престола: во имя святой великомученицы Варвары и святого Иоанна Предтечи.
К началу XX века приход храма насчитывал 158 дворов с населением 1124 человека. В штате церкви состояли священник и псаломщик. Приход включал хутора Александровка и Орловка, расположенные в 6 верстах от села.
Во время Великой Отечественной войны, в период оккупации села немецкими войсками, храм продолжал функционировать, служа местом молитвы и убежищем для жителей. Однако в августе 1942 года здание церкви было разрушено оккупантами, поскольку его купол служил ориентиром для советской авиации.
После войны, в 1946 году, группа верующих предпринимала попытки восстановить храм, однако ходатайство было отклонено, поскольку здание церкви отсутствовало, а ближайший действующий храм находился в селе Девица, в 5 километрах от Петино.
В конце 1990-х годов местным меценатом было инициировано строительство нового храма на месте бывшего кинотеатра. Изначально планировалась часовня, но усилиями местных жителей и при поддержке прихожан из соседних сел здание было достроено как полноценный храм. 23 августа 2009 года митрополит Воронежский и Борисоглебский Сергий совершил освящение новопостроенного храма во имя святого Иоанна Богослова.
Современный храм представляет собой небольшое кирпичное здание с серебристым куполом. Внутреннее убранство храма скромное, но наполненное светом. В храме хранятся старинные иконы, предположительно принадлежавшие прежней церкви, а также старый колокол, сохраненный местными жителями после разрушения храма в годы войны.