Село Балахоновское, основанное в XIX веке, на протяжении длительного времени не имело собственной церкви. Жители села посещали богослужения в соседних населённых пунктах. В конце XX века, в связи с возрождением религиозной жизни в России, возникла необходимость в строительстве храма для обеспечения духовного окормления местного населения. Инициатива строительства храма принадлежала жителям села, которые обратились с просьбой о возведении церкви в честь Иоанна Богослова.
Строительство храма было завершено в 2000 году. Архитектурный облик здания представляет собой одноэтажное кирпичное сооружение с одной главой и колокольней, расположенной над притвором. Внутреннее убранство храма оформлено в соответствии с канонами православной церкви, включая иконостас и росписи. Престол храма освящён в честь святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
С момента открытия храм стал центром духовной жизни села Балахоновское. В нём регулярно проводятся богослужения, церковные таинства и религиозные праздники. Храм также участвует в социальных и культурных мероприятиях, направленных на укрепление духовных традиций и нравственных ценностей в обществе.