До возведения нынешнего храма на территории села существовала церковь, также посвящённая святому Иоанну Богослову. Точные сведения о времени её постройки отсутствуют, однако известно, что уже в 1832 году этот храм функционировал и имел статус приходского. В этом же году, согласно указу Святейшего Правительствующего Синода, к нему была приписана деревянная церковь во имя Рождества Христова с приделом святых мучеников Бориса и Глеба из села Никулино. С этого момента богослужения проводились поочерёдно в обоих храмах священнослужителями из села Выползово.
27 марта 1855 года первоначальная Иоанно-Богословская церковь была уничтожена пожаром. После этого её причт временно осуществлял богослужения в приписном храме села Никулино. Впоследствии три сестры из дворянской семьи Кунординых, проживавшие в деревне Ломакино (ныне часть села Антипинка), предоставили земельный участок для строительства нового храма. В 1864 году на средства прихожан была возведена новая деревянная церковь во имя святого апостола Иоанна Богослова. В отличие от прежнего храма, она была построена не на прежнем месте, а в центре деревни Антипинка, примыкающей к селу Выползово. Несмотря на изменение местоположения, за ней сохранилось прежнее название — Выползовская Иоанно-Богословская церковь.
Архитектурно храм представляет собой деревянное сооружение, характерное для церковного зодчества того периода. В трапезной части здания был устроен тёплый придел с престолом в честь Рождества Христова, что обеспечивало возможность проведения богослужений в холодное время года. В 1905 году к основному объёму храма была пристроена четырёхъярусная колокольня высотой 25 метров, что значительно изменило его внешний облик и подчеркнуло вертикальную доминанту в композиции здания. В том же году был освящён второй придел во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба, вероятно, в память о ранее существовавшей приписной Никулинской церкви, разобранной в 1870 году из-за ветхости.
В советский период многие храмы подверглись закрытию и разрушению, однако Иоанно-Богословская церковь в Антипинке избежала этой участи и продолжала функционировать. В постсоветское время усилия местных жителей и прихожан были направлены на сохранение и поддержание храма в надлежащем состоянии. По состоянию на 2022 год, церковь находится в хорошем состоянии, богослужения в ней проводятся еженедельно. Иконостас и росписи храма сохранились и находятся в удовлетворительном состоянии, их поддержание осуществляется за счёт частных пожертвований.
В 2022 году храм отметил 158-летие со дня своего основания. К этой дате местные власти подготовили соответствующие мероприятия.
