Инициатива строительства храма в хуторе Филькино возникла в начале XX века. Согласно архивным данным, 15 апреля 1912 года было освящено место под будущий храм. Церковным председателем был избран Василий Яковлевич Горбунков. Строительство осуществлялось на средства, собранные местными жителями. Первоначально подрядчиком был назначен Куницын, однако в 1913 году его заменил Оленев, который внес изменения в проект, уменьшив высоту здания на ¾ аршина и купол на 2 аршина в окружности. В 1914 году на храм были установлены кресты. Освящение храма состоялось 9 октября 1915 года в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Внутренняя отделка и роспись продолжались до 1946 года.
В 1920 году священник храма, Николай Степанович Попов, был осужден на три года лишения свободы за встречу Назаровской банды с церковным звоном. После отбытия наказания он вернулся в хутор Филькино.
В 1930 году председатель сельсовета предпринял попытку закрыть храм. На общем собрании жителей вопрос о закрытии был решен большинством в один голос. Однако верующие отказались передать ключи от храма, что привело к конфликту с представителями власти. В результате вмешательства районных властей храм был вновь открыт 13 апреля 1930 года.
В 1938 году священник Попов был повторно арестован и приговорен к расстрелу с конфискацией имущества. Приговор был приведен в исполнение 4 августа 1938 года в Ростове-на-Дону. Несмотря на это, храм продолжал функционировать, включая период оккупации во время Великой Отечественной войны. После освобождения фронтовик и художник Иван Семенович Лагутин завершил роспись стен храма, но вскоре скончался от фронтовых ран в мае 1947 года.
В 1963 году храм был закрыт по инициативе местных властей. Протестующие верующие, в основном пожилые женщины, были насильно удалены с территории храма. Часть церковной утвари была сохранена жителями, однако иконостас был уничтожен. Здание храма использовалось как склад для зерна, а затем для хранения ядохимикатов. После пожара, повредившего полы, храм был заброшен.
В 1970 году жители хутора направили письмо-жалобу писателю Михаилу Шолохову с просьбой о содействии в восстановлении храма. Несмотря на поддержку, храм оставался закрытым. Только в 2000-х годах начались работы по восстановлению здания. Были установлены новые купола и кресты, восстановлена колокольня, вставлены окна и настланы полы. 9 октября 2013 года храм вновь открыл свои двери для прихожан.
