Храм в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова в посёлке Ямбург был основан в 1997 году. Первоначально богослужения совершались в переоборудованном жилом модуле, где 28 августа того же года состоялась первая Божественная литургия. Инициатива создания постоянного храма принадлежала местным прихожанам и получила поддержку предприятия «Ямбурггаздобыча».
16 ноября 1998 года архиепископ Тобольский Димитрий совершил чин освящения места под строительство храма. Храм был построен в период с 1998 по 2001 год. 14 августа 2001 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил великое освящение храма. Это событие стало значимым в истории прихода.
Архитектурное решение храма обусловлено условиями Крайнего Севера. Здание возведено с учётом вечной мерзлоты, характерной для региона. Храм является одним из самых северных православных храмов в мире.
Престольные праздники храма установлены в дни памяти апостола Иоанна Богослова: 21 мая (по новому стилю), 13 июля (Собор двенадцати апостолов) и 9 октября (день преставления). Богослужения совершаются на церковнославянском языке.
Приход храма входит в состав Салехардской епархии Русской Православной Церкви и относится к Новоуренгойскому благочинию. Дата регистрации прихода — 11 марта 1998 года.