Село Черкизово получило своё название от царевича Золотой Орды Серкиза, принявшего христианство и ставшего Иваном Серкизовым. В XIV веке он владел этими землями, но вскоре продал их Илье Озакову, также крещённому татарину. Илья Озаков, будучи приближённым митрополита Алексия, построил в Черкизове первую деревянную церковь в честь своего небесного покровителя — пророка Илии. В 1378 году митрополит Алексий приобрёл село Черкизово у Ильи Озакова на собственные средства и завещал его Чудову монастырю в Кремле. С тех пор Черкизово стало вотчиной монастыря и летней резиденцией московских митрополитов.
В 1689–1690 годах на месте сгоревшего деревянного храма была построена каменная церковь. Небольшой одноглавый храм был освящён 18 июня 1690 года. В XIX веке церковь дважды перестраивалась: в 1821–1825 годах храм стал пятиглавым, а в конце 1890-х годов по проекту архитектора Егорова была проведена серьёзная реконструкция, включавшая строительство новой колокольни.
Вокруг храма расположено Черкизовское кладбище, одно из старейших в Москве. В 1861 году здесь был похоронен московский юродивый Иван Корейша, почитавшийся как святой. Его образ упоминается в произведениях Н. С. Лескова и Ф. М. Достоевского.
В годы Великой Отечественной войны прихожане и духовенство храма собрали 1 миллион рублей на строительство самолётов и отправили их И. В. Сталину, который в ответ направил благодарственную телеграмму. Возможно, благодаря этому храм избежал закрытия в советское время. В середине XX века в храм свозили иконы из закрытых церквей.
