Согласно архивным документам 1876 года, Ильинская церковь являлась главной в округе. Её причт состоял из настоятеля, помощника и двух псаломщиков. Настоятелем в то время был священник Яков Благонравов, его помощником — священник Александр Троицкий. Сверх штата в причт входили священники Александр Диев и Гавриил Богоявленский. Церковным старостой с 1874 года был назначен государственный крестьянин Андросов, потомки которого продолжают проживать в Панино.
В советский период, несмотря на массовые закрытия храмов и преследования религии, Ильинская церковь оставалась действующей. Лишь в годы Великой Отечественной войны храм был временно закрыт, но избежал использования под хозяйственные нужды, что позволило сохранить его архитектурный облик и внутреннее убранство. В послевоенные годы храм стал духовным центром для жителей не только Панино, но и соседних населённых пунктов, таких как Доброе, Малый Хомутец, Каликино, Замартынье, Махоново.