Храм Илии Пророка в селе Ильинско-Подомское относится к числу древнейших приходов Вилегодского края. Основание прихода связано с миссионерской деятельностью святителя Стефана Пермского, который в 1379 году, получив благословение в Москве, отправился на территорию современного Котласа и далее на Виледь. В ходе проповеди среди местного населения святитель устанавливал поклонные кресты в поселениях, где оставались новокрещенные христиане. Эта дата — 1379 год — традиционно считается временем основания села и прихода.
Первоначально на месте креста была возведена часовня, позднее замененная деревянным храмом. Первый каменный храм был заложен 8 июня 1785 года в день памяти великомученика Феодора Стратилата на месте сгоревшей деревянной церкви. Строительство велось под руководством подрядчика из Сольвычегодска Афанасия Аксенова при участии местных жителей и финансовой поддержке купцов Строгановых. Нижний храм был освящен 29 сентября 1789 года во имя святого пророка Илии, а в 1791 году достроен и освящен Благовещенский придел.
В 1801 году началось возведение второго этажа, завершенное к 1807 году. Верхний храм освятили в честь мучеников Флора и Лавра, что, вероятно, связано с традиционным коневодством в Вилегодском крае. В 1809–1811 годах построена колокольня, на которую подняли колокола, включая благовестник весом более пяти тонн. К 1915 году приход насчитывал 970 дворов с населением 6600 человек, в нем служили четыре священника и небольшая монашеская община.
В 1936 году настоятель храма иерей Николай Дмитриевич Попов был арестован, а в 1937 году сослан в Воркутинский лагерь, где скончался в 1938 году. Храм закрыли в 1937 году, колокола сбросили, колокольню частично разрушили. В советский период здание использовалось как кинотеатр, спортзал, автобусная станция и место для танцев. Возрождение прихода началось 9 апреля 1992 года с регистрации общины, а 15 июня того же года храм был передан верующим. К 2010 году колокольня была почти полностью восстановлена, и на нее установили новые колокола.