Первое упоминание о церкви в селе Долгуша относится к 1676 году. Тогда на этом месте находился деревянный храм, освящённый во имя Архангела Михаила. В 1794 году была возведена каменная колокольня, которая сохранилась до наших дней и стала частью архитектурного ансамбля последующего храма.
В 1878 году на месте прежнего деревянного храма была построена новая каменная церковь, освящённая во имя пророка Илии. Архитектурный стиль храма относится к эклектике, характерной для второй половины XIX века. Основной объём здания представляет собой четверик, перекрытый восьмигранным куполом. К нему с востока, севера и юга примыкают равновеликие объёмы, завершающиеся фронтонами и покрытые двухскатной кровлей. С западной стороны расположена прямоугольная трапезная и трёхъярусная колокольня. Первый ярус колокольни имеет притворы с севера и юга, второй ярус прорезан арочными проёмами, а третий представляет собой меньший по площади куб с люкарнами. Фасады храма украшены лучковыми проёмами с рустованными архивольтами, опирающимися на импосты в виде полуколонок. Углы здания акцентированы рустованными лопатками, а центральные части фасадов — круглыми рустованными филёнками. Восьмигранный барабан купола прорезан полуциркульными окнами, оформленными архивольтами, поясками и карнизом. Апсида прямоугольной формы, с рустованными углами и лучковыми проёмами в обрамлении из полуколонок и архивольтов.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной кампании, храм был закрыт. В последующие годы здание использовалось для различных хозяйственных нужд: в нём размещались ремонтные мастерские, а позднее — зернохранилище.
В 2010 году начались реставрационные работы по восстановлению храма. Были проведены мероприятия по укреплению конструкций, восстановлению архитектурных элементов и подготовке здания к возобновлению богослужений. В результате проведённых работ храм был вновь освящён во имя пророка Илии и начал функционировать как действующий приход.
