Храм во имя святого пророка Илии в селе Ильинское Шуйского уезда Владимирской губернии (ныне Ивановской области) известен с начала XVII века. В патриарших окладных книгах за 1628 год упоминается деревянная церковь, находившаяся в вотчине боярина князя Фёдора Ивановича Мстиславского. При храме значились два двора поповых, двор пономаря, двор просвирницы и пять дворов церковных крестьян. В приходе числилось 346 крестьянских дворов.
В 1653 году при церкви пророка Илии была построена вторая, тёплая церковь в честь Казанской иконы Божией Матери. Оба храма сгорели во время пожара 16 мая 1737 года. В сентябре того же года из Нижегородского архиерейского казённого приказа был получен указ о строительстве новой церкви. К декабрю 1738 года на прежнем месте была возведена холодная церковь во имя пророка Илии, освящённая 15 декабря 1738 года. Тёплая Казанская церковь была построена отдельно.
Существующий каменный храм был сооружён в 1736 году на месте обветшавшего деревянного храма по проекту архитектора Алексея Петровича Евлашева. В 1818 году к церкви были пристроены два придела: южный во имя святого мученика Феодора иже в Пергии и северный во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В 1828 году была возведена колокольня.
В 1937 году храм был закрыт советскими властями и использовался как складское помещение. За годы советского периода внутреннее убранство церкви было полностью утрачено. Храм возвращён Русской Православной Церкви в 1991 году. Первое богослужение в полуразрушенном здании состоялось в августе 1991 года.
В ходе восстановительных работ в 2005 году в храме был установлен уникальный фарфоровый иконостас высотой 10 метров, изготовленный мастерами Гжели. В иконостас вставлены 23 иконы, написанные палехскими иконописцами. Главный престол храма освящён в честь пророка Илии, боковые приделы - во имя апостола Иоанна Богослова и преподобномученицы великой княгини Елисаветы Фёдоровны.
