Этот храм является частью храмового комплекса, включающего также церковь Рождества Христова.Строительство Ильинской церкви было завершено в 1843 году; она была возведена как зимний храм прихода.
Архитектурно Ильинская церковь представляет собой кирпичное здание, выполненное в стиле позднего классицизма. Она состоит из четверика под купольной кровлей с прямоугольным алтарем и трапезной. Вход в храм оформлен портиком с четырьмя колоннами. Второй престол храма посвящен святому Димитрию Солунскому.
В декабре 1885 года в приходе села Арефино было создано церковно-приходское попечительство, задачей которого стал сбор средств для ремонта приходских церквей. В 1888 году иконописец Брусняков из Пошехонской Адриановской слободы выполнил роспись храма.
