Каменный храм во имя святого пророка Илии в деревне Вощиково Пошехонского уезда был возведен в 1800 году на средства прихожан. Архитектурное решение выполнено в стиле классицизма с трехпрестольной композицией: главный престол освящен в честь пророка Илии, боковые приделы — во имя мучеников Флора и Лавра и великомученика Димитрия Солунского. Колокольня построена в ярусной форме.
В конце XIX века храм underwent капитальный ремонт, инициированный местным помещиком Меркурием Елеазаровичем Комаровым, который выделил на эти цели 25 тысяч рублей. В этот период церковь относилась к Панфиловской волости Пошехонского уезда Ярославской губернии.
В 1930-х годах, в период массового закрытия церквей, храм был secularized. Здание использовалось как складское помещение. Возвращение Русской Православной Церкви состоялось в 1996 году, после чего начались восстановительные работы.
Церковь расположена на территории бывшего Ильинского погоста, который позднее вошел в состав деревни Вощиково. В дореволюционный период приход включал окрестные деревни: по данным 1908 года, в нем числилось 262 мужчины и 292 женщины.
Архивные материалы свидетельствуют, что в 1905 году при храме была открыта церковно-приходская школа. Штат clergy состоял из священника и псаломщика. Церковь владела 36 десятинами земли и капиталом в размере 100 рублей.