Село Ильинское на реке Москве ещё в XVI — начале XVII века являлось центром дворцовой вотчины Лужские земли. Первое упоминание под названием Ильинское, связываемое с выстроенной здесь деревянной церковью во имя Илии Пророка, относится к 1618 году. В Смутное время село было разорено, церковь Илии Пророка сожжена и восстановлена только после 1620 года. На протяжении истории усадьбой владели многие известные русские фамилии: Стрешневы, Остерман-Толстые, Голицыны и, наконец, Романовы.
В 1730 году по заказу владельца села графа Григория Петровича Чернышёва была построена новая деревянная церковь. В 1733 году её освятил архимандрит Иосифо-Волоцкого монастыря Иоаким.
В 1783 году владельцем села графом Захаром Григорьевичем Чернышёвым была построена каменная церковь Илии Пророка. Храм представляет собой образец архитектуры в стиле барокко. В этой церкви был похоронен фельдмаршал Захар Чернышёв, так как церковь-усыпальница в Яропольце ещё не была закончена. Останки его перезахоронены в начале XX века.
В «Списке населённых мест» 1862 года Ильинское упоминается как владельческое сельцо 1-го стана Волоколамского уезда Московской губернии по левую сторону Московского тракта, от границы Зубцовского уезда на город Волоколамск, в 13 верстах от уездного города, при речке Колпянке, с 52 дворами, православной церковью и 408 жителями (192 мужчины, 216 женщин).
По данным на 1890 год, село входило в состав Яропольской волости Волоколамского уезда, число душ мужского пола составляло 181 человек.
В 1913 году в селе насчитывалось 88 дворов, земское училище и чайная лавка.
В материалах Всесоюзной переписи населения 1926 года указаны село Ильинское Новое (181 житель, 36 хозяйств, школа, сельсовет), деревни Ильинского сельсовета — Ильинская Слобода (142 жителя, 27 хозяйств) и Ильинское (169 жителей, 34 хозяйства).
С 1929 года Ильинское является населённым пунктом в составе Волоколамского района Московской области.
Село сильно пострадало в ходе военных действий во время Великой Отечественной войны. До муниципальной реформы 2006 года оно было центром Ильино-Ярополецкого сельсовета.
