Храм во имя святого пророка Божия Илии в Выборге был построен в 1796 году на средства, собранные русскими жителями города. Проект здания выполнил выборгский губернский архитектор Иоганн Брокман, известный также строительством Спасо-Преображенского собора и собора Петра и Павла в Выборге. Первоначально храм был освящен во имя иконы Божией Матери «Живоносный Источник», но в XIX веке переосвящен в честь пророка Илии.
Архитектурный облик храма соответствовал традициям классицизма конца XVIII века. Здание состояло из трехъярусной колокольни с двумя приделами, прямоугольного молельного зала под двускатной крышей и алтарной апсиды. Верхний ярус колокольни имел четыре арочных проема для колоколов, оформленных в строгих классицистических формах. Изначальное завершение колокольни в виде шпица позже было заменено луковичной главкой.
В 1824 году вокруг храма образовалось кладбище, где были погребены видные горожане, включая выборгского губернатора Петра Васильевича Желтухина. В 1896 году к северу от храма по проекту архитектора Й. Бломквиста был построен одноэтажный домик привратника из красного кирпича.
После обретения Финляндией независимости в 1917 году храм в 1930 году перешел к финноязычному православному приходу. В 1939 году, перед началом советско-финляндской войны, в здании провели капитальный ремонт с подключением к центральному отоплению. Во время военных действий храм получил повреждения от артиллерийских обстрелов.
В 1945 году исполком Выборгского горсовета принял решение о разборке поврежденного здания на строительные материалы для создания воинского мемориала, который так и не был сооружен. Территория бывшего храма и кладбища впоследствии использовалась для промышленных нужд.
Восстановление храма началось в 1994 году по инициативе благотворительного фонда «Воссоздание церкви Илии Пророка». Строительство велось по измененному проекту, учитывающему богослужебные потребности. В 1999 году восстановленный храм был освящен. В 2002-2007 годах рядом с храмом построен трехэтажный духовно-просветительский центр.
