Морозовская детская клиническая больница была основана в 1903 году по инициативе и на средства известных московских промышленников и меценатов Морозовых. С момента открытия больницы возникла необходимость в создании при ней храма, который бы служил духовной поддержкой для маленьких пациентов, их родителей и медицинского персонала.
Строительство храма было завершено в 1906 году. Архитектурный облик здания сочетает элементы русского стиля с модерном, характерным для начала XX века. Храм представляет собой небольшую однокупольную постройку с выразительными декоративными элементами, отражающими традиции русского церковного зодчества.
С момента основания и до 1917 года храм активно функционировал, являясь неотъемлемой частью больничного комплекса. После революции 1917 года и установления советской власти многие религиозные учреждения были закрыты или переоборудованы под другие нужды. Предположительно, в этот период храм при Морозовской больнице прекратил свою деятельность, а его помещение было использовано для хозяйственных или административных целей больницы.
В конце XX — начале XXI века, в период возрождения религиозной жизни в России, начался процесс возвращения храмов и церковных помещений Русской Православной Церкви. В этот период было принято решение о восстановлении храма иконы Пресвятой Богородицы «Милующая» при Морозовской детской клинической больнице. Были проведены реставрационные работы, направленные на восстановление первоначального облика здания и его приспособление для проведения богослужений.
В настоящее время храм действует как домовая церковь при больнице, оказывая духовную поддержку пациентам, их родственникам и медицинскому персоналу. Богослужения проводятся регулярно, а храм открыт для посещения всеми желающими. Его деятельность способствует укреплению морального и психологического состояния пациентов, что является важным аспектом комплексного подхода к лечению и реабилитации детей.