Первые упоминания о деревянном храме в честь иконы Божией Матери «Знамение» в селе Борки относятся к 1774 и 1784 годам. В документах указано, что храм был построен в традициях деревянного зодчества и являлся центром духовной жизни местного населения. К приходу относились село Борки и деревня Спальная, расположенная в двух верстах. В 1890 году число прихожан составляло 2128 человек.
18 июня 1885 года губернский архитектор Баумиллер представил проект каменного храма в строительное управление Курского губернского правления. Проект был утверждён 19 июня 1885 года, а в 1886 году началось строительство. Храм возводился в русско-византийском стиле и был освящён в 1898 году. Главный престол посвящён Курской Коренной иконе Божией Матери, правый придел — святителю Тихону Задонскому, левый — Владимирской иконе Божией Матери.
Росписи в храме выполнены не ранее 1903 года, что подтверждается наличием изображения преподобного Серафима Саровского, канонизированного в том же году. В храме находились старинные иконы, включая образ Божией Матери «Знамение» в серебряной ризе, изготовленный в 1849 году, и Владимирскую икону Божией Матери, появившуюся в 1901 году. Церковное имущество включало несколько Евангелий, старейшее из которых было напечатано в Москве в 1688 году.
После 1917 года храм продолжал функционировать на основании договора с местными властями. В 1922 году из него были изъяты ценные предметы, включая серебряные ризы и напрестольный крест. В 1937 году богослужения прекратились из-за отсутствия священника, а в 1940 году здание передали колхозу для использования в качестве зернохранилища. Богослужения возобновились в 1942 году, а в 1944 году приход был официально зарегистрирован.
В 1960-х годах проведены реставрационные работы силами харьковских и курских художников. В 1993 году приход был зарегистрирован повторно, а в 1998 году храм получил статус памятника архитектуры регионального значения. В 2012 году храм посетил архиерей Курской епархии. В 2023 году здание подверглось разрушению в ходе военных действий, в результате чего были повреждены купола и колокольня.