Строительство храма было инициировано в конце XIX века в связи с необходимостью создания отдельного здания для богослужений при губернской земской больнице, ранее известной как Мартыновская больница.До этого богослужения проводились в помещении на втором этаже главного корпуса больницы, однако к концу XIX века это помещение обветшало, и возникла потребность в новом храме.
В 1890 году вдова купца А. Я. Горбунова пожертвовала 4000 рублей на строительство новой церкви в память о своем муже. Эта сумма стала основой для реализации проекта. В декабре 1893 года Нижегородское губернское земство приняло решение о строительстве храма и выделило дополнительные средства. Общая стоимость строительства составила более 19 000 рублей.
Проект храма был разработан архитектором В. Н. Брюхатовым. После его смерти в 1894 году руководство строительством принял на себя архитектор А. Н. Никитин. Закладка церкви состоялась 22 августа 1894 года, а освящение храма было совершено 4 августа 1896 года епископом Нижегородским и Арзамасским Владимиром (Никольским).
Архитектурно храм выполнен в стиле эклектики с элементами древнерусской архитектуры. Здание двухэтажное, с тремя главами и колокольней. Фасады украшены декоративными элементами, включая килевидные наличники окон и ложные машикули. Верхний храм был освящен в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость», а нижний, расположенный в крипте, — в честь святого пророка Даниила. Нижний храм также служил усыпальницей для семьи Горбуновых.
В советский период, начиная с 1920 года, храм был закрыт, и его здание использовалось для различных нужд: склад, морг, радиологический кабинет, лаборатория. В результате этих преобразований здание претерпело значительные изменения, как внутренние, так и внешние.
В 1993 году здание храма было передано Нижегородской епархии, после чего начались восстановительные работы. К декабрю 1994 года в нижнем храме возобновились богослужения. 24 сентября 2005 года митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий совершил чин великого освящения восстановленного храма.
