Шиханы, основанные в конце XIX века, изначально были военным поселением, где проживали офицеры и их семьи. В связи с этим, потребность в церковном учреждении стала очевидной. В 1899 году количество жителей в летних лагерях возросло до трёхсот человек, что усилило необходимость в полноценном храме.
31 января 1901 года начальник штаба Московского военного округа генерал-лейтенант Л. Соболев обратился к протопресвитеру Александру Желобовскому с просьбой утвердить план строительства каменного храма. Проект был утверждён, и 8 июля 1901 года благочинный церквей Первой гренадерской дивизии протоиерей Иоанн Орлов совершил чин закладки храма. Строительство финансировалось статским советником Иваном Андреевичем Колесниковым в память об избавлении от болезни Императора.
Храм был освящён 1/14 августа 1902 года протопресвитером армии и флота А.А. Желобовским в присутствии Великого Князя Сергея Александровича и Великой Княгини Елизаветы Фёдоровны. Освящение сопровождалось парадом войск.
После революции 1917 года храм был закрыт. Здание использовалось под различные склады, что привело к утрате внутреннего убранства и частичной утрате архитектурных элементов. В 1980-е годы храм использовался объединением «Роскварцсамоцветы» как склад полудрагоценных камней, что ещё больше изменило его внутреннее пространство.
22 сентября 1992 года храм был передан верующим. В день празднования иконы Божией Матери «Скоропослушница» 22 ноября 1992 года в храме был совершен первый молебен после его передачи. С этого дня богослужения возобновились. В октябре 1992 года на храме был установлен деревянный крест, а в апреле 1994 года — металлический крест. В 1997 году восстановлена каменная звонница и построены трапезная и новое здание воскресной школы.
В Великую субботу 14 апреля 2001 года храм посетил Святейший Патриарх Алексий II.