Первый деревянный храм во имя великомученика Георгия Победоносца был сооружен в Рыбной слободе в 1660 году. Он выполнял функции кладбищенской церкви, обслуживая погребения на новом погосте, учрежденном для разгрузки переполненного кладбища при Преображенском храме. Деревянная постройка просуществовала около 130 лет, пока в 1771 году архиепископ Ростовский и Ярославский Афанасий (Вольховский) не дал благословение на строительство каменного храма.
Каменный храм возводился на средства, собранные от соляных палаток и ярмарочной торговли. Строительство, начатое в конце XVIII века, завершилось освящением в 1790 году. Архитектор и строители остались неизвестны. Уже в 1807 году были обнаружены серьезные конструктивные недостатки: свод начал опускаться, в стенах появились трещины. Храм закрыли для богослужений и провели капитальный ремонт в 1807-1809 годах, заменив каменный свод на деревянный накат.
В 1834 году к храму пристроили небольшой притвор с ризницей. В 1857 году на средства купца Николая Тюменева был изготовлен новый иконостас. Наиболее масштабная перестройка произошла в 1877-1885 годах по проекту архитектора Григория Лизинского. Из-за нехватки места на кладбище новый храм возводили вокруг старого, частично используя его стены. В этот период храм получил богатую масляную роспись и новый архитектурный облик с элементами эклектики.
В марте 1930 года храм был закрыт советскими властями. Здание использовалось как архивное хранилище. 16 мая 1991 года храм возвращен Русской Православной Церкви. В 1998 году состоялось его освящение после реставрационных работ, в ходе которых были восстановлены росписи XIX века и установлен новый иконостас. Храм является частью архитектурного ансамбля Вознесенско-Георгиевского прихода, включающего также Вознесенскую церковь 1808 года постройки.
