Храм в честь святых мучеников Флора и Лавра в деревне Сайгатина Сургутского района был основан в середине 1990-х годов. В мае 1996 года состоялось первое собрание жителей по вопросу строительства храма, в августе того же года получено постановление №85 об отводе земли. В октябре 1996 года строительство получило благословение архиепископа Тобольского и Тюменского Димитрия, а в декабре была зарегистрирована приходская община.
В январе 1997 года состоялось освящение места строительства и забита первая свая. Деревянный сруб для храма был изготовлен в Нижнем Новгороде в форме ладьи. В апреле 1997 года строящийся храм посетил епископ Тобольский и Тюменский Димитрий. К маю 1997 года были доставлены и освящены колокола, а в октябре завершены внешние строительные работы.
В апреле 1998 года закончились работы по внутренней отделке храма. Первая Божественная литургия была совершена в июне 1998 года. В 1999 году прошла перерегистрация общины, а в 2001 году завершилось строительство дома причта. В декабре 2002 года был назначен исполняющий обязанности настоятеля храма.
В 2003-2004 годах велись работы по организации систем отопления и электроснабжения храма и дома причта. В октябре 2005 года заключены договоры с подрядными организациями, а в марте 2006 года завершён монтаж системы электроснабжения дома причта.
Храм был назван в честь святых мучеников Флора и Лавра, традиционно почитаемых как покровителей животноводства. Это связано с историей деревни Сайгатина, где с 1994 года располагалось подсобное хозяйство Сургутского завода стабилизированного конденсата. В 2016 году на территории храма началось строительство часовни-купальни в честь блаженной Ксении Петербургской, которая была достроена к январю 2022 года.
Престольный праздник храма отмечается 31 августа. При храме действует воскресная школа, организуются паломнические поездки. В 2018 году ученики воскресной школы посетили Тобольск, в 2019 году - храмы Сургута. В 2021 году на храме были установлены новые купола.