В начале XIX века, в период активного развития дорожной инфраструктуры Российской империи, по проекту архитектора Луиджи Руска была возведена сеть типовых почтовых станций. Одно из таких зданий было построено в деревне Кипень на Нарвском тракте. Эти станции служили для смены лошадей и отдыха путешественников, обеспечивая бесперебойное сообщение между Санкт-Петербургом и западными губерниями.
С течением времени и развитием транспортных технологий необходимость в почтовых станциях отпала, и многие из них пришли в запустение. В Кипени здание бывшей почтовой станции было переоборудовано под православный храм, получивший посвящение в честь Двенадцати Апостолов. Это решение позволило сохранить историческое сооружение и придать ему новое функциональное значение.
Архитектурно здание представляет собой типичный образец классицизма начала XIX века. Фасады отличаются строгими линиями и симметрией, характерными для проектов Луиджи Руска. В процессе адаптации под храм были внесены изменения, соответствующие требованиям православного богослужения, включая обустройство алтарной части и установка иконостаса.
6 июня 2014 года была официально зарегистрирована православная местная религиозная организация прихода храма Двенадцати Апостолов деревни Кипень, входящая в состав Гатчинской епархии Русской Православной Церкви. Это событие ознаменовало возрождение полноценной приходской жизни и начало регулярных богослужений.
