В ознаменование его чудесного спасения жители Новочеркасска 29 апреля 1893 года, во вторую годовщину этого события, обратились к архиепископу Донскому и Новочеркасскому Макарию с прошением о разрешении на строительство храма в честь Донской иконы Божией Матери.Предполагалось возвести церковь на Ратной площади города.Архиепископ Макарий благословил это начинание.
Разрешение на строительство было получено от императора Александра III, который одобрил внесение изменений в утвержденный в 1805 году городской план Новочеркасска. Для управления строительством был создан церковно-приходский попечительский совет под председательством священника Петра Знаменского. В состав совета вошли видные горожане, включая генерал-лейтенанта В. М. Лютенскова и статского советника М. Е. Ушакова.
Архитектором проекта был назначен С. И. Болдырев, известный своими работами в Новочеркасске. К 1903 году строительство храма было завершено. Церковь представляла собой одноэтажное пятикупольное здание, выполненное из белого камня. Иконостас храма расписывал художник Е. Г. Черепахин, также участвовавший в оформлении Вознесенского кафедрального собора.
Судьба храма в последующие годы остается малоизученной. Известно, что в 1930 году здание еще существовало, однако точные данные о времени и обстоятельствах его разрушения отсутствуют. Предположительно, церковь была закрыта и разобрана в середине 1930-х годов.
В начале 1990-х годов, в период духовного возрождения, казаки микрорайона Хотунок города Новочеркасска выступили с инициативой создания православного храма на своей территории. После обращения к митрополиту Владимиру (Сабодану) было определено место для строительства на участке по улице Гагарина, 108Б, ранее занятом заброшенным летним кинотеатром.
В 1990 году местные власти предоставили казакам здание бывшей водоразборной станции, находившееся в соседнем помещении. Казаки очистили территорию и здание, установили крест, и помещение было переоборудовано в часовню, где начались богослужения. В 1994 году был назначен настоятель, после чего богослужения стали регулярными.
По инициативе настоятеля, при поддержке казаков и прихожан, было принято решение о строительстве нового храма. Администрация города выделила под строительство участок площадью 1,2 га по адресу ул. Гагарина, 108Б. Из-за сложных гидрогеологических условий было решено строить храм из дерева. Строительство велось на пожертвования прихожан и при поддержке городских предприятий. В 1997 году был заложен фундамент, лес для строительства доставлялся из Костромы и Брянска. В 2000 году в построенном деревянном храме начались богослужения. В 2003 году здание облицевали кирпичной кладкой и оштукатурили снаружи и внутри, установили купола с крестами. В 2007 году были освящены и подняты колокола на храмовую колокольню.
Современный храм представляет собой здание, выдержанное в традициях русской храмовой архитектуры. Он имеет форму четверика с примыкающей алтарной апсидой. Над главным входом, украшенным иконой Божией Матери, расположена двухъярусная колокольня. Восьмигранный центральный объем храма увенчан шатровым куполом с золоченой главкой. Резной иконостас выполнен местными мастерами.
