Село Борисоглебское было основано во второй половине XVI века и получило своё название в честь первых русских святых — князей Бориса и Глеба. Уже к 1600 году в селе существовала деревянная церковь, построенная на средства царя Бориса Фёдоровича Годунова.
В 1692–1693 годах крестьяне села под руководством церковного старосты Никиты Иванова и сельского старосты Ивана Фёдорова возвели две новые деревянные церкви: летнюю Спасскую и зимнюю Борисоглебскую.
В 1848–1850 годах на средства Департамента уделов была построена новая деревянная Борисоглебская церковь, заменившая старую.
19 декабря 1888 года деревянная церковь была уничтожена пожаром. Приходской священник Иоанн Богоявленский организовал сбор средств на строительство нового каменного храма.
Строительство нового храма началось 23 июля (5 августа) 1889 года и продолжалось до 1897 года. Проект был разработан архитектором Павлом Евграфовичем Аникиным, известным своими работами по строительству сельских церквей.
Новый каменный храм был выполнен в эклектичном стиле с элементами русской архитектуры XVII века. Шатровая колокольня над входом напоминает архитектуру того периода, а сам храм отдалённо напоминает церковь Бориса и Глеба в Кидекше.
Храм был освящён 23 сентября (5 октября) 1897 года по благословению архиепископа Казанского Антония.
В начале XX века приход села Борисоглебского включал несколько деревень, таких как Сухая Река, Караваево, Кадышево, Щербаков и Дербышкино. В селе проживало около 700 человек, занимавшихся различными ремеслами и торговлей.
После Октябрьской революции храм был закрыт и использовался как складское помещение. В 1947 году церковь была окончательно закрыта, и в её здании разместился сельский клуб.
В 1990 году в церкви возобновились богослужения. Масштабные восстановительные работы начались в 1993 году при участии верующих из разных районов Татарстана. Были восстановлены купола, внутреннее убранство, фрески, настенная роспись и колокольня.
