Первое упоминание о церкви Богоявления в Дорогомиловской ямской слободе датируется 1625 годом. Как и многие храмы, посвященные празднику Богоявления, церковь была возведена вблизи водоема, находясь примерно в 400 метрах от Москвы-реки. Это позволяло проводить традиционные крестные ходы на праздник Крещения Господня к проруби, называемой «иордань», для освящения воды.
В 1727 году, по просьбе местных ямщиков, на месте старой деревянной церкви был построен каменный храм, способный вместить около 800 человек. Это свидетельствовало о росте населения слободы и увеличении числа прихожан.
В советский период, в рамках политики по отношению к религиозным учреждениям, храм Богоявления был закрыт. В 1938 году здание храма было разрушено, а на его месте впоследствии появились жилые постройки.
