Станица Калининская, ранее известная как станица Поповичевская, была основана в 1808 году казаками Поповичевского куреня Черноморского казачьего войска. Первая церковь в станице была построена в 1809 году. Согласно преданиям, эта церковь была перевезена на Кубань из Запорожья, разобрана и речным путем на баржах переправлена на новое выбранное место у реки Понура. Однако эта версия является спорной, так как перевозка сухопутным путем потребовала бы больших затрат, а обоз мог растянуться на многие версты. Не проще ли было срубить церковь на месте, тем более что основным строительным материалом является кавказская лиственница.
Со временем из-за ветхости церковь снесли, и на её месте в 1833 году была заложена новая, деревянная на кирпичном фундаменте. Строительство было завершено в 1855 году, а в 1856 году церковь была освящена. Общая стоимость строительства составила 9 714 рублей 30 копеек серебром, собранных по раскладке с жителей станицы и от доброхотных приношений.
В 1878 году к храму был пристроен правый придел, освящённый во имя апостола Матфея. В 1900 году был устроен южный придел в честь великомученика Пантелеимона.
Архитектурный облик храма выполнен в традиционном русском стиле, характерном для православных храмов того времени. Здание деревянное, построенное без использования гвоздей, с элементами эклектики, что отражает распространённые архитектурные тенденции XIX века. Храм имеет центральный купол и колокольню. Размеры внутреннего помещения церкви составляют в длину и ширину по 12 саженей (около 25 м), а высота до карниза — около 2 саженей (4,5 м).
В 1886 году в сторожке при храме была открыта школа грамоты для первых 37 учеников.
В 1910 году священник Богоявленской церкви Василий Ключанский был награждён бархатной фиолетовой скуфьёй; священник Ф. И. Дудкин возведён в сан протоиерея в 1912 году; местный казак Федот Лях утверждён церковным старостой в 1913 году. Памятным событием стало посещение Богоявленской церкви 28–29 мая 1916 года епископом Ейским Иоанном, который совершил всенощное бдение, Божественную литургию и вместе с местным священником Николаем Соболем сказал проповедь.
После установления советской власти в 1920 году Богоявленскую церковь закрыли, превратив в склад имущества. Самые уважаемые и авторитетные станичные священники — Василий Ключанский и Николай Соболь были расстреляны. Открыли церковь осенью 1942 года с ведома немецких оккупантов. С того времени богослужения в ней не прекращаются.
В 2016 году церковь была отреставрирована. На куполах установили новые кресты. Православная церковь Богоявления Господня входит в состав Ейской и Тимашевской Епархии, Кубанской Митрополии Русской Православной Церкви, и является одним из немногих деревянных храмов на Кубани, памятником церковной архитектуры.
