История храмового комплекса восходит к началу XVIII века, когда в селе существовали две деревянные церкви: во имя пророка Илии и в честь Владимирской иконы Божией Матери.В июне 1768 года епископ Вятский и Великопермский Варфоломей выдал храмозданную грамоту на строительство новой Владимирско-Богородицкой церкви взамен обветшавшей.Она была освящена 15 марта 1770 года.К 1801 году обе деревянные церкви пришли в ветхость, что послужило основанием для возведения каменного храма.
4 марта 1801 года Вятская духовная консистория выдала разрешение на строительство каменной церкви. Проект разработал вятский губернский архитектор Филимон Меркурьевич Росляков. Главный престол холодной церкви был освящён в честь Богоявления Господня. Правый престол тёплой церкви освящён 20 июня 1807 года в честь Владимирской иконы Божией Матери, а левый — 23 июня 1808 года во имя пророка Илии.
В 1879 году, по проекту архитектора Фёдорова, к западному фасаду трапезной пристроена трёхъярусная колокольня. В 1895 году архитектор Иван Аполлонович Чарушин укрепил углы трапезной контрфорсами и перестроил третий ярус колокольни.
К 1846 году в состав прихода церкви, кроме села Нечкино, входили деревни: Пислегово, Макарово, Усть-Нечкинка, Чепаниха, Дуванак, Горбунова, Юриха, Сениха, Лагуново, Немешаево, Слепокурова, Килина, Боровики, Шадренки, а также починки: Голованов, Коновалов и Чукавин. В 1868 году при храме было открыто церковно-приходское попечительство.
В 1941 году церковь была закрыта по указу Президиума Верховного Совета УАССР от 3 сентября. Здание передано под больницу, а в последующие годы использовалось как клуб, библиотека, хлев для скота, гараж, зерносклад и склад удобрений.
В 1996 году зарегистрирован воссозданный приход храма. В 2007 году началось его восстановление. Биатлонист Иван Черезов подарил восстанавливаемому храму восемь колоколов. Освящение храма совершил 6 июля 2013 года митрополит Ижевский и Удмуртский Николай.
Архитектурно храм выполнен в стиле классицизма. Восьмерик на четверике увенчан куполом со слуховыми окнами, несущим небольшой восьмигранный фонарик с главкой. С восточной и западной стороны к основному объёму примыкают равновысокие полукруглая алтарная апсида и трапезная. Трапезная четырёхстолпная, трёхнефная. Узкий притвор соединяет трапезную с квадратной в плане трёхъярусной колокольней. Первый и второй ярусы колокольни четырёхгранные, третий — восьмигранный, завершён шатром со слуховыми окнами, увенчанным главкой.
Фундамент бутовый, стены кирпичные, кровля железная, полы деревянные. Общая длина здания составляет 54,5 метра. Ширина колокольни — 8 метров, трапезной — 21 метр, основного объёма — 14 метров, апсиды — 10,5 метра.
