Село Богоявленка было основано во второй половине XVII века. В 1669 году на берегу реки произошло явление иконы, после чего здесь образовался небольшой поселок Богоявленка. Упоминается в документах 1676 года. В 1693–1701 годах здесь был выстроен первый деревянный Богоявленский храм. В 1748 году на месте деревянной церкви построена каменная. Архиепископ Дмитрий (Самбикин) в документах середины 1880-х годов отмечал: «Церковь в Богоявленском, Землянского уезда, двухэтажная, в нижнем этаже придел св. Николая Чудотворца, каменная с колокольнею, построена в 1748 г. подполковником Петром Богдановичем Лосевым. При церкви две каменные караулки. Земли пахатной 33 десятины. Прихожан 800 душ, хутора: Раздолье, Медвежье и Приволье».
В 1918–1924 годах эта церковь стояла на учете в Отделе по делам музеев Главнауки Наркомпроса как наиболее ценный памятник архитектуры Воронежской губернии. Несмотря на многочисленные утраты, необычное по своей объемной композиции здание является одним из немногих в Воронежской области церквей периода барокко с отголосками черт средневековой русской архитектуры.
В годы советской власти церковь пытались взорвать дважды, но стены устояли. Позже здесь располагались школа, склад, маслобойня. Во время Великой Отечественной войны в храме находился госпиталь.
В начале XXI века началось восстановление храма. В 2006 году в крещенский сочельник состоялось первое архиерейское служение. 11 июля 2009 года митрополитом Воронежским и Борисоглебским Сергием храм был заново освящён в честь Богоявления Господня.
В настоящее время храм является действующим приходом Воронежской епархии Русской Православной Церкви. Он выполняет функции духовного центра для жителей района, предоставляя возможность участия в богослужениях, таинствах и церковных праздниках.
При храме функционирует воскресная школа, где осуществляется обучение основам православной веры. Проводятся занятия для детей и взрослых, направленные на духовное просвещение и укрепление религиозных знаний.
Престольный праздник храма отмечается 19 января, в день празднования Богоявления Господня. В этот день совершаются торжественные богослужения, в которых принимают участие прихожане и гости храма.
