Первое упоминание о церкви в селе Морки относится к 1752 году, когда на средства прихожан была построена деревянная церковь. В 1819 году, ввиду ветхости деревянного строения и увеличения числа прихожан, было принято решение о возведении каменного храма на том же месте. Строительство осуществлялось под руководством священника Якова Смирнова и завершилось в том же году. Новый храм имел три престола: главный — в честь Богоявления Господня, правый придел — в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла, левый придел — во имя святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии.
В 1932 году, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт, а его здание передано для использования в качестве Дома социалистической культуры Моркинского района. В последующие десятилетия здание храма использовалось для различных нужд, что привело к утрате многих элементов внутреннего убранства и архитектурных деталей.
10 марта 1992 года здание бывшего храма было официально передано верующим, после чего начались работы по его восстановлению. В день Святой Троицы того же года в храме прошло первое после долгого перерыва богослужение. 28 мая 1996 года храм был освящён епископом Йошкар-Олинским и Марийским Иоанном, что ознаменовало полное возобновление его деятельности как религиозного учреждения.
