Первые упоминания о храме Богоявления Господня в Шуньгском погосте относятся к 1678 году. Церковь была построена в период, когда Шуньгская волость в третий раз перешла во владение Тихвинского Благовещенского монастыря. Освящение храма в честь Богоявления Господня символически закрепляло статус Шуньгской ярмарки, которая к тому времени стала главным экономическим центром средней Карелии. Ярмарка проводилась дважды в год: Богоявленская (6-18 января) и Благовещенская (25-30 марта).
Храм Богоявления являлся третьим по времени основания в Шуньгском погосте после Никольской (упоминается с 1473/74 года) и Благовещенской (известна с 1616 года) церквей. Все три храма располагались на церковном острове (Кокострове) в северной части озера Путкозеро. Архитектурные особенности Богоявленской церкви в ранний период не описаны в сохранившихся документах, однако известно, что она была деревянной, как и другие храмы погоста.
В XVIII веке при храме находились три товарных амбара, принадлежавшие церковному приходу и Тихвинскому монастырю. Доход от их аренды во время ярмарок поступал в распоряжение причта. Церковный штат в этот период состоял из одиннадцати человек: трех священников, двух дьяконов, двух дьяков, двух пономарей и двух проскурниц.
В 1899 году Шуньгский погост практически полностью уничтожил пожар. Сгорели две церкви, включая восьмишатровую Никольскую, представлявшую значительную архитектурную ценность. Храм Богоявления также пострадал. Восстановление проводилось на средства купца Ивана Ивановича Крылова в 1900-1908 годах. Были отлиты новые колокола в Петербурге, установлены железная ограда и святые врата.
В 1930-х годах храм был закрыт. В здании бывшей каменной церкви разместился клуб имени Кирова с зрительным залом на 300 мест. Во время Великой Отечественной войны при отступлении советских войск Шуньга была подожжена, многие постройки, включая церковные, уничтожены.
Современный храм Богоявления Господня в деревне Шуньга был воссоздан позднее на историческом месте. Богослужения возобновились в постсоветский период. Приход относится к Петрозаводской и Карельской епархии Русской Православной Церкви.
