Первая деревянная церковь в селе Рудкино была построена в 1650 году и освящена во имя Иоанна Богослова. В 1730 году на её месте возведена вторая деревянная церковь, при которой упоминается священник Евдоким. Этот храм просуществовал до 1790 года.
Каменная церковь Богоявления Господня построена в 1810 году. По данным середины 1880-х годов, храм имел каменную колокольню и 33 десятины земли. Приход насчитывал 700 душ, включая жителей хутора Ивановского, расположенного в 7 верстах от села.
В 1900 году приход церкви состоял из 345 дворов с 2246 прихожанами. В штате храма числились священник и псаломщик-диакон. Архитектурный стиль здания относится к классицизму.
В 1995 году постановлением администрации Воронежской области №850 церковь признана объектом исторического и культурного наследия областного значения. В интерьерах сохранились росписи по штукатурке конца XIX - начала XX веков.
Храм имеет прямоугольные притворы и полукруглую апсиду. Колокольня двухъярусная, с четырёхгранным шпилем. Световой барабан украшен круглыми окнами, что является редкой архитектурной особенностью.