Православный приход в городе Курильске на острове Итуруп был образован в 1994 году. Первое документально зафиксированное посещение священника состоялось в 1995 году, когда совершены несколько таинств крещения. Первый постоянный настоятель прибыл 1 ноября 1997 года.
Из-за отсутствия специализированных помещений богослужения первоначально проводились в здании рыболовецкого кооператива, позднее — в помещениях детской школы искусств, где также функционировала воскресная школа. 14 декабря 1999 года приходу передано здание краеведческого музея, где начались работы по устройству иконостаса и внутреннему обустройству. Первое богослужение в переоборудованном помещении совершено 7 января 2000 года, после чего храм освящён в честь Богоявления Господня.
В 2001 году осуществлено строительство притвора с колокольней и металло-кирпичной ограды. В летний период того же года заменена кровля с установкой нового купола и креста. К 2002 году основные строительные работы завершены, после чего проводилось благоустройство территории: в 2005-2006 годах выложены тротуарные покрытия, сооружён колодец, достроена ограда.
С конца июня по октябрь 2010 года проведена масштабная реконструкция: заменены купола и кресты, отремонтированы кровля, стены и потолочные конструкции, модернизированы системы отопления и водоснабжения, уложена напольная мозаика. 16 октября 2010 года храм заново освящён.
Город Курильск, где расположен храм, имеет сложную историческую судьбу. Поселение возникло на месте айнского поселения II тысячелетия до н.э., известного как Шана. В конце XVIII века здесь появился русский острог. В 1800 году местность занята японским гарнизоном, а с 1855 года по Симодскому договору остров Итуруп перешёл под юрисдикцию Японии. В 1945 году территория возвращена СССР, а в 1947 году населённый пункт получил современное название.