Село Ярцево было основано в 1605 (по другим данным — 1608) году отрядом кетских казаков как зимовье на левом берегу Енисея, в 230 км к северу от Енисейска. Это одно из первых русских поселений в Енисейском крае. В 1679 году в селе была построена первая деревянная церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы, предназначенная в том числе для обращения в православие местных кетов и эвенков.
Каменный храм с тем же посвящением был возведен в 1796 году. Согласно описанию 1832 года, это была одноэтажная каменная церковь длиной 11 саженей и шириной 5 саженей. В храме находился придел во имя апостолов Петра и Павла, иконостас состоял из 36 икон. На колокольне размещались четыре колокола: два больших (8 и 10 пудов) и два малых (по 1 пуду). При церкви действовала библиотека из 51 книги, включая Евангелие 1743 года издания.
В состав прихода входили село Ярцево и окрестные деревни: Нижне-Шадрино, Фомка, Никулино и Тонковское зимовье. В 1911 и 1916 годах в деревнях Никулино и Нижне-Шадрино соответственно были построены часовни. Храм был закрыт не позднее 1930-х годов и впоследствии разобран на кирпичи. На его фундаменте была возведена контора зверопромхоза.
Приход был восстановлен в 1995 году. В 1996-1997 годах построен новый храм, освященный 7 апреля 1997 года. Храм относится к Енисейской епархии Русской Православной Церкви. Богослужения совершаются на церковнославянском языке.