Село Верхние Марки было основано в начале XVIII века и упоминается в документах 1773 и 1780 годов.Первоначально оно состояло из двух слобод — Александрова (Лобановка), принадлежавшей князьям Лобановым-Ростовским, и собственно Верхних Марок, находившихся во владении Станкевичей.Население села составляли выходцы из Москвы, переселенцы из Коротояка и украинские казаки.
В 1863 году в центре села была построена кирпичная церковь во имя Воздвижения Креста Господня. Строительство велось по типовому проекту, распространённому в Воронежской губернии того времени. Архитектурно храм представляет собой кубический двухсветный объём с аттиковым ярусом, увенчанный главкой (утрачена). К основному объёму примыкают полукруглая апсида и прямоугольная бесстолпная трапезная. С западной стороны к трапезной прилегает колокольня с боковыми объёмами. Фасады храма украшены крупномасштабными элементами русского стиля, заимствованными из образцовых проектов церквей 1850-х годов, предложенных архитектором К.А. Тоном. Углы объёмов выделены лопатками, северный и южный фасады членятся на три прясла, завершённые крупными килевидными кокошниками. Стены прорезаны крупными арочными проёмами с килевидными архивольтами на импостах. Внутреннее пространство храма перекрыто четырёхгранным сводом со световым кольцом, апсида — конхой. Оконные проёмы заключены в глубокие ниши, начинающиеся от пола.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, церковь была закрыта и использовалась под зерносклад. Это привело к утрате значительной части внутреннего убранства и ухудшению состояния здания. В 1994 году храм был поставлен под государственную охрану как памятник истории и архитектуры Воронежской области.
