Строительство каменного храма началось в 1808 году по инициативе местных прихожан и при поддержке Вологодской епархии. В 1814 году церковь была освящена во имя святого архидиакона Стефана. Архитектурно здание представляет собой каменную одноэтажную постройку, объединяющую холодную и тёплую церкви, с отдельной каменной колокольней. В холодной церкви главный престол был посвящён святому архидиакону Стефану, в тёплой — святой великомученице Параскеве.
В 1890 году, ввиду ветхости и малой вместимости тёплой церкви, была проведена её перестройка. После реконструкции в храме стало три престола: главный — во имя святого архидиакона Стефана, и два в тёплой церкви — во имя Казанской иконы Божией Матери и святой великомученицы Параскевы.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, церковь была закрыта. Здание использовалось для различных хозяйственных нужд: предполагалось устройство клуба, в годы Великой Отечественной войны оно служило складом, а с 1990-х годов пустовало.
В начале XXI века началось восстановление храма, инициированное местными жителями и при поддержке благотворителей. Восстановительные работы включали ремонт стен, устройство новой кровли, восстановление колокольни и куполов. В сентябре 2015 года храм был вновь освящён и открыт для богослужений, став центром духовной жизни села Ношуль.
